民間ベンチャーキャピタルの一般的なファンドの運用期間が10年間であるのに対し、京大iCapの運用する「イノベーション京都2016投資事業有限責任組合」の運用期間は15年です。基礎研究に厚みのある京都大学の研究成果は、実用化までに長い時間を要するものも多く、15年間のファンド運用によりイノベーションとなり得る基盤技術の育成を目指すためです。
また京都大学では、公募により選定された民間の運用事業者が、本学に関連するベンチャー企業の育成を目的に設立するファンドを認定ファンドとして位置づけ、大学で生まれた研究成果等を積極的に社会に還元する取り組みをおこなっています。
京大iCapは公的資金を、認定ファンドは民間資金を、それぞれ運用し、京都大学を中心として京大iCap、認定ファンドが協調・補完して京大発ベンチャーの支援を行うことで、効率的な資金提供を可能にしました。